लागु औषध नियन्त्रणको प्रमुख केन्द्रीय निकायको रुपमा गृह मन्त्रालय रहेको छ। नेपाल सरकार कार्यविभाजन नियमावली 2074 का अनुसार लागु औषध नियन्त्रण सम्बन्धी कार्य गृह मन्त्रालयको कार्य हो। लागु औषध नियन्त्रणका सम्बन्धमा गृह मन्त्रालय मातहत देहाय अनुसारको संस्थागत व्यवस्था रहेको छः